La votación inició a las ocho de la mañana hora local (1300 GMT) y se extenderá hasta las cuatro de la tarde (2100 GMT).
Los peruanos elegirán a un total de 1.842 alcaldes y 25 gobernadores.
El voto en Perú es obligatorio.
La elección ha estado marcada por las fuertes medidas de seguridad debido a incidentes registrados recientemente entre simpatizantes de distintos partidos.
Varios candidatos han sido acusados de corrupción y de tener lazos con el narcotráfico.
La mayor atención de la elección está puesta en la capital Lima, donde 12 candidatos -liderados por el favorito en las encuestas, el conservador Luis Castañeda- buscan suceder a la alcadesa Susana Villarán.
La izquierdista Villarán -ex ministra de la Mujer y excandidata presidencial- es la primera mujer electa alcaldesa de la ciudad.