En 2007 Padilla fue hallado culpable de respaldar a al Qaeda y de conspiración terrorista. Se le dedujeron los tres años por el tiempo que pasó detenido como “enemigo combatiente” en una prisión naval de Carolina del Sur.
Pero la corte de Apelaciones del 11 Circuito consideró "errado" haber descontado ese tiempo y no haber tomado en cuenta el “elevado nivel de peligrosidad” de Padilla debido a su entrenamiento en campos extremistas en Afganistán.
Padilla, de 43 años, fue arrestado en 2002 en el aeropuerto internacional de Chicago, acusado de planear el uso de un bomba “sucia” radioactiva en una de las principales ciudades estadounidenses, un señalamiento que luego fue descartado por las autoridades.
En 2005 Padilla fue incorporado como parte acusada a un caso de terrorismo que se juzgaba en tribunal de Florida y en agosto de 2007 fue hallado culpable de servir de reclutador de combatientes "yihadistas" en una mezquita del sur de Florida que visitaba frencuentemente.