Francisco Flores estuvo dos semanas bajo arresto domiciliario.
Según medios salvadoreños, Flores, quien fue presidente entre 1999 y 2004, fue llevado este viernes a una "bartolina" (celda) de la División Antinarcóticos.
El traslado se hizo en medio de un fuerte dispositivo de seguridad.
También se le señala de desobediencia por no comparecer ante una comisión investigadora de la Asamblea Legislativa en enero pasado.
El caso se hizo público cuando el anterior presidente, Mauricio Funes, denunció en su programa de radio y televisión que el gobierno de Estados Unidos investigaba a Flores por movimientos sospechosos en sus cuentas bancarias.
Antes de ir ante el tribunal, Flores había estado prófugo durante cuatro meses. El gobierno sospechaba que se había refugiado en Panamá.
Luego de que se presentara ante la justicia, un juez ordenó su arresto domiciliario.
La fiscalía apeló esa decisión y consiguió que fuera revocada por la cámara primera de lo penal de El Salvador.